Descobri que xbindkeys é iniciado automaticamente se você tiver um .xbindkeysrc em sua pasta pessoal ou em uma pasta do sistema, como /etc . Por isso, geralmente não precisa ser adicionado como um item de inicialização separado, uma vez instalado.
Isso é explicado bem no arquivo /etc/X11/Xsession.d/98xbindkeys , que é gerado por qualquer instalação normal do pacote Ubuntu. Aqui está um trecho do arquivo, gerado pela execução de cat /etc/X11/Xsession.d/98xbindkeys :
This file is sourced by Xsession(5), not executed.
PROG="/usr/bin/xbindkeys"
NOAUTO="${HOME}/.xbindkeys.noauto"
This file autostarts xbindkeysrc if the user (or system) has a config
for it AND does NOT Have a .xbindkeys.noauto in his homedir.
[The rest of the file is a script]
Portanto, a solução simples é anotar as instruções e colocar um arquivo chamado .xbindkeys.noauto em seu diretório pessoal, e xbindkeys não iniciará com sua sessão x, e você poderá colocar uma inicialização alternativa entrada para ele com suas necessidades específicas.