O Gnome-connection-manager está interceptando as combinações de teclas alt para seu próprio menu e se recusa a passá-lo para o shell que está hospedando (onde sua instância do MC está sendo executada). Isso não é configurável.
Este é um bug no Gnome-connection-manager ou para ser preciso na biblioteca GUI usada (Gtk), então a única boa solução é ir para o seu site e relatar o bug.
A outra abordagem é arquivar um bug com o GTK sobre "Alt sendo codificado", mas você precisará de muito carisma e resistência para convencê-los a tornar "Alt" configurável, todas as alternativas serão soluções alternativas, caso em que a tecla ESC truque é o mais elegante.