Copiar arquivos tende a copiar permissões, o que inclui o UID. Você precisará redefinir o UID:
sudo chown -R youruser:youruser /path/to/folder
Então, se você quiser que /home/bob
pertença a bob
em seu segundo VPS, execute:
sudo chown -R bob:bob /home/bob
Eu recomendo que você leia estas duas excelentes páginas do Arch Wiki: