Você precisa inicializar no Windows ou usar um computador diferente com o Windows, se for uma unidade externa. O Windows deve detectar automaticamente que há um problema e ter um pop-up perguntando se você gostaria de verificar se há erros no disco, então apenas pressione sim e você deve ser bom.
Se você planeja usar a unidade no Linux mais do que o Windows, sugiro strongmente que você use o ext4, pois ele funciona muito melhor do que o NTFS no Linux, como aprendi da maneira mais difícil.
BTW, de acordo com os manpages:
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