Experimente este comando:
rsync -a -f"- */" -f"+ *" /home/user/ destination/
man rsync
-f, --filter=RULE add a file-filtering RULE
A regra para incluir todos os arquivos *
e excluir os dirs */
Outra abordagem para usar a cópia normal cp
cp /home/usr/* /destination
você pode se livrar dos erros sobre dirs usando redirecionamento
cp /home/usr/* /destination 2>/dev/null
Isso só copia os arquivos dentro da sua casa sem os diretórios