Isso também acontece com os pacotes oficiais do Gnome Shell no Ubuntu 11.10 (pelo menos para mim, no momento em que estou postando esta resposta).
Eu só sei uma correção para isso: desabilitar o Nautilus de lidar com a área de trabalho (para isso, você não terá mais ícones na área de trabalho). Para fazer isso, instale o "dconf-tools":
sudo apt-get install dconf-tools
Em seguida, abra o "dconf-editor", navegue para org > gnome > área de trabalho > plano de fundo e desmarque a caixa "mostrar ícones da área de trabalho".