clientes semelhantes significam aplicativos que fazem coisas semelhantes ao nm-applet, mas não são nm-applet. Como o Network Manager é dirigido pelo DBus, qualquer um é livre para escrever clientes para controlá-lo sem interagir com o código do Network Managers de forma alguma. É como se você pudesse se conectar a um servidor da Web com diferentes navegadores sem alterar o servidor.
Servidores sem cabeça não precisam de segredos da mesma maneira que um laptop faz.
Eu não acho que a manpage diga que você não pode usar segredos. Ele diz que se você tiver o nm-applet instalado, ele poderá ser reutilizado para fornecer configurações de rede por usuário e senhas pessoais. Se não estiver disponível, presumo que você teria que fornecer os segredos.
Normalmente, não uso o Network Manager na linha de comando. Mas ele usa o DBus, então seria relativamente fácil escrever um aplicativo de maldição para ele, ou algo assim. Ou você poderia simplesmente usar o dbus-end manualmente, mas isso pode não ser agradável.