Não tenho certeza se você descobriu qual era o problema, mas eu estava apenas construindo o ccminer e passei por alguns tutoriais e também encontrei o seu post.
Linha dos seus registros que é o culpado:
/usr/local/cuda/bin/nvcc -gencode=arch=compute_52,code="sm_52,compute_52" -I/usr/local/cuda/include -I. -O3 -lineno -Xcompiler -Wall -D_FORCE_INLINES --ptxas-options="-v" --maxrregcount=128 -o equi/cuda_equi.o -c equi/cuda_equi.cu
Linha semelhante dos meus registros:
/usr/local/cuda/bin/nvcc -gencode=arch=compute_61,code=\"sm_61,compute_61\" -I/usr/local/cuda/include -I. -O3 -lineno -Xcompiler -Wall -D_FORCE_INLINES --ptxas-options="-v" --maxrregcount=128 -o scrypt/sha256.o -c scrypt/sha256.cu
Agora você pode ver a diferença aqui, você está faltando barras invertidas para nvcc_ARCH em Makefile.am:
nvcc_ARCH = -gencode=arch=compute_52,code=\"sm_52,compute_52\"
Espero que alguém ache útil.