Estou usando o Dropbox e links simbólicos para todas as pastas do meu / home, além da sincronização do Mozilla.
Funciona muito bem. O Dropbox me permite ver o progresso do upload / downloads e, com uma boa conexão, até arquivos de tamanho médio viajam muito rapidamente do netbook para o laptop de viagem, para o desktop doméstico, para o meu telefone Android e vice-versa.
Eu não tentei com arquivos de configuração do sistema ou com o full / home (eu só tenho a conta do Dropbox menor livre), embora.