A resposta curta "não importa muito".
O esquema de particionamento MBR permite que você tenha até 4 partições em uma unidade, uma dessas partições pode ser uma "partição estendida", que atua como um contêiner para qualquer número de "partições lógicas". As partições que não estão dentro da partição estendida são chamadas de "partições primárias".
Não há diferença em como eles funcionam ou nada. Então, se você não tem razões específicas, escolha a opção padrão.