Bem, acho que reaparecerá se você relançar a Fcitx novamente.
Com isso dito, não consegui usar o Fcitx de maneira conveniente no shell do GNOME. O GNOME é projetado para o IBus, e se você não tem uma strong preferência pela Fcitx, eu recomendo que você use o IBus.
Caso contrário, se a Fcitx for importante para você, talvez você queira fazer login em uma sessão do Unity, ou talvez experimentar um dos tipos do Ubuntu.