Você pode desativar a verificação automática de atualização de software configurando "Verificar automaticamente a atualização" para nunca na lista suspensa na guia Atualizações do Software e atualizar as configurações. Aqui está o guia completo: link
Então, quando você quiser atualizar seus pacotes, use um comando.
sudo apt update & amp; & amp; sudo apt -y dist-upgrade
você pode até usar um alias para facilitar as coisas. Abaixo está o que estou usando no meu arquivo .bashrc.
alias aptupgrade="sudo apt update & amp; sudo apt -y dist-upgrade"