Eu resolvi isso. Aqui está a resposta:
link
Eu tenho um novo Yubikey 4 com firmware v4.3.5.
Eu baixei o YubiKey Personalization Tool v3.1.24 ( aqui ), movido para minha máquina offline e compilado depois de instalar todos os arquivos .deb (dependecies) necessários.
Iniciando a Ferramenta de Personalização do YubiKey, a GUI me mostra que possui a versão 1.17.2 da Biblioteca. O site de compatibilidades me mostra que eu preciso, no mínimo, da versão 1.17.3 da Biblioteca. A última biblioteca disponível é 1.18.0. A GUI mostra-me também que o firmware do meu YubiKey (4.3.5) é desconhecido.
Agora estou perguntando a você: Como posso atualizar a biblioteca da GUI do YubiKey Personalization Tool?
Importante: Se eu tiver que baixar qualquer coisa, tenho que fazer isso na minha máquina on-line e mover os arquivos para a minha máquina off-line. Então, coisas como git clone ou qualquer outra coisa não funcionam para mim.
Se isso não funcionar, eu acho que tenho que usar a Ferramenta de Personalização do YubiKey na linha de comando, mas eu realmente não quero fazer isso.