O Cygwin é uma ótima ferramenta se você quiser viver inteiramente no Windows e quiser dirigir / automatizar tarefas do Windows com scripts bash. No entanto, o Cygwin é incapaz de executar binários Linux não modificados.
É aí que a WSL entra:
O Subsistema Windows para Linux (WSL), é uma nova camada do kernel do Windows, que visa fornecer um alto grau de compatibilidade com a ABI do kernel do Linux. Isso permite que binários nativos, não modificados, do Linux ELF64 sejam executados no WSL.
É assim que a WSL pode executar uma distribuição genuína de usuário do Ubuntu, e quaisquer pacotes que você baixar do apt-get, ou pacotes .deb de qualquer outro lugar, sem nenhuma mudança.
O ponto da WSL é permitir que desenvolvedores trabalhando no Windows possam executar muitas das ferramentas e trabalhar em muitos projetos, que dependem de binários, recursos, comportamentos, layout de sistema de arquivos, modelo de processo, etc. / p>
Embora a WSL ainda esteja no início de sua implementação, estamos trabalhando duro para melhorar a amplitude e profundidade de nossas implementações syscall para melhorar continuamente a capacidade da WSL de executar um conjunto cada vez maior de ferramentas e oferecer suporte a um número crescente de Ruby. Java, nó, etc. pacotes e projetos.
Atualização: 2017-09-07
Desde que escrevemos o acima, enviamos o Windows 10 Creators Update, que melhora MASSIVELY a compatibilidade do WSL com MUITAS das ferramentas que você deseja / precisa executar.
O desenvolvimento também continuou inabalável e estamos enviando o Win10 Insiders nos últimos meses a caminho da entrega do Fall Creators Update (FCU) em outubro de 2017.
Na FCU, estamos adicionando a capacidade de instalar e executar mais de uma distribuição lado a lado: o Ubuntu, o openSUSE e o SLES estão atualmente disponíveis, com o Fedora e outros a caminho. A WSL também oferece suporte a comunicações via USB e montagem de compartilhamentos de rede e armazenamento USB, além de outras melhorias em nossas configurações, melhorando a compatibilidade com mais ferramentas.
HTH.