Parece que você não usou o apt-get ou qualquer gerenciador de pacotes específico para instalar o eclipse, então seus gerenciadores de pacotes não sabem nada sobre como removê-lo.
Portanto, da minha experiência, se você o instalou usando a GUI do instalador SEM executá-lo como root, ele criará principalmente dois diretórios em seu diretório home ~ / eclipse e ~ / .p2
Basta excluir esses diretórios e recuperar o espaço usado pelo eclipse.