Acho que o Ubuntu usa o cabeçalho do arquivo para identificar o tipo de arquivo e gerar a miniatura com base nisso, mas no Windows um arquivo contendo metadados chamado Thumbnail.db seria atualizado quando os tipos de arquivo de verificação do Windows Explorer (com base na extensão do arquivo) .
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O Ubuntu usa o Nautilus que está em conformidade com a implementação do Freedesktop, que usa o arquivo MIMEtype. Visite o link acima para mais especificações.