Se você estiver usando várias telas X (ou seja, você exibe :0.0
, :0.1
, etc), não será possível mover as janelas entre elas. As janelas estão vinculadas a uma tela X porque as telas podem ter formatos de pixel incompatíveis ou o hardware pode não conseguir compartilhar recursos entre as telas. Xinerama, RandR e TwinView foram todos projetados para contornar isso mesclando vários monitores em uma única tela lógica.
Eu sei que a Sun colocou o trabalho no Gnome 2.x para ter certeza de que funcionou bem nessa configuração e que os aplicativos iniciados em um painel de uma tela faria com que o aplicativo fosse aberto na mesma tela, mas é possível que alguns deles tem bitrotted desde então, se você está tendo problemas.
Alguns aplicativos (como o Nautilus) devem ser compatíveis com várias telas, mas a maioria só será executada em uma única tela ao mesmo tempo. Você pode forçar um aplicativo a ser iniciado em uma determinada tela X passando uma sequência de exibição personalizada. Por exemplo, para iniciar o Firefox na segunda tela, você pode executar o seguinte:
firefox --display :0.1
Talvez a criação de alguns lançadores personalizados com comandos como esse ajudaria?