Talvez sua construção esteja quebrada. Tente desinstalar e, em seguida, instalá-lo usando o seguinte método
Primeiro, instale dpendencies
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install autoconf automake build-essential libass-dev libfreetype6-dev \
libsdl2-dev libtheora-dev libtool libva-dev libvdpau-dev libvorbis-dev libxcb1-dev libxcb-shm0-dev \
libxcb-xfixes0-dev pkg-config texinfo wget zlib1g-dev
Agora crie um diretório para os arquivos de origem que serão baixados posteriormente
mkdir ~/ffmpeg_sources
Agora instale este assembler para otimizações x86 usadas por x264 e FFmpeg
cd ~/ffmpeg_sources
wget http://www.tortall.net/projects/yasm/releases/yasm-1.3.0.tar.gz
tar xzvf yasm-1.3.0.tar.gz
cd yasm-1.3.0
./configure --prefix="$HOME/ffmpeg_build" --bindir="$HOME/bin"
make
make install
Em seguida, instale o libmp3lame
cd ~/ffmpeg_sources
wget http://downloads.sourceforge.net/project/lame/lame/3.99/lame-3.99.5.tar.gz
tar xzvf lame-3.99.5.tar.gz
cd lame-3.99.5
./configure --prefix="$HOME/ffmpeg_build" --enable-nasm --disable-shared
make
make install
Em seguida, instale o ffmpeg
cd ~/ffmpeg_sources
wget http://ffmpeg.org/releases/ffmpeg-snapshot.tar.bz2
tar xjvf ffmpeg-snapshot.tar.bz2
cd ffmpeg
PATH="$HOME/bin:$PATH" PKG_CONFIG_PATH="$HOME/ffmpeg_build/lib/pkgconfig" ./configure \
--prefix="$HOME/ffmpeg_build" \
--pkg-config-flags="--static" \
--extra-cflags="-I$HOME/ffmpeg_build/include" \
--extra-ldflags="-L$HOME/ffmpeg_build/lib" \
--bindir="$HOME/bin" \
--enable-gpl \
--enable-libass \
--enable-libfreetype \
--enable-libmp3lame \
--enable-libtheora \
--enable-libvorbis \
--enable-nonfree
PATH="$HOME/bin:$PATH" make
make install
hash -r
Você pode ter que reiniciar o dispositivo, pois às vezes não funciona. Após a instalação, vá para o diretório ~ / bin
cd ~/bin
então, nesse diretório, tente executar o comando por exemplo.
./ffmpeg -i ~/input.mp4 ~/videos/output.mkv
PS: Na sua pergunta em que você mencionou
//HERE SHOULD BE LIBMP3LAME
libmp3lame não estará lá, mas será mencionado na configuração como
configuration: --enable-libmp3lame
Deixe-me saber se funciona ou não. :)