O melhor método que funcionou para mim é adicionar suas alterações no Xsession.d, então ele será carregado automaticamente para todos os usuários quando você fizer login no X:
(o arquivo não existe, então você pode dar o nome que quiser. Os números à esquerda significam a ordem em que ele será executado em comparação com os outros arquivos.)
sudo nano /etc/X11/Xsession.d/80synaptics
Adicione apenas os comandos do synclient nesse arquivo:
synclient TapButton2=2 TapButton3=3
(deve ser de propriedade root, com permissões 644)
chmod 644 /etc/X11/Xsession.d/80synaptics