O EXT4 teoricamente funciona melhor do que o NTFS, mas o suporte completo de leitura / gravação para o NTFS está embutido no Ubuntu, portanto você não deve ter problemas com a configuração existente, desde que você tome as precauções apropriadas do newbie ao configurar sua instalação. Isso inclui garantir que as unidades sejam fechadas corretamente pelo Windows executando um desligamento completo antes de inicializar em um disco ativo e, como sugerido pelo @Redbob, é uma boa idéia desconectar todas as mídias cruciais para dados ao executar uma nova instalação para evitar danos acidentais. formatação.
Por favor, veja as perguntas relacionadas para uma comparação de NTFS e EXT4 (o padrão para a versão atual do Ubuntu)