Im tendo problema muito estranho acontecendo com desktop unidade. Como você pode ver na captura de tela, meu monitor principal (à esquerda) tem painel preto sólido e meu monitor secundário (à direita) tem painel adequadamente transparente. No CCSM eu configurei Opacity como 0, tentei executar o comando 'unity', mas isso não ajudou.
Consegui resolver isso usando os seguintes comandos
unity-tweak-tool --reset-unity
dconf reset -f /org/compiz
setsid unity
O primeiro comando é redefinir todas as configurações de volta ao padrão na unidade-tweak-tool, o segundo comando está redefinindo o compiz como padrão e finalmente o último comando está reiniciando a unidade.