Encontramos uma solução, eu postei se puder ajudar alguém com o mesmo tipo de problema.
O problema foi a expiração do ticket do kerberos dentro da tela ou da sessão do tmux. O kerberos ticket foi usado para montar a pasta nfsv4 onde alguns arquivos foram escritos pelo programa, assim após 12hrs o ticket expirou e o programa tentou gravar em arquivo inacessível e obter um segfault. O nfsv4 foi usado para o nosso servidor no Ubuntu 16.04, o nfsv3 no Ubuntu 14.04 ...
A solução, na sessão screen / tmux, lança o programa com o seguinte comando: krenew -K 60 ./a.out