Eu já notei o mesmo problema antes e passei muito tempo tentando encontrar uma solução.
Como eu disse, passei muitas horas estudando, e a única resposta que posso postar, receio, é não, não há como fazer isso com a Expo plugar. Tem que ser controlado pelo compiz, e as configurações são extremamente limitadas. Eu procurei em volta para ver se haveria alguma maneira de alterar as configurações, mas parece que, além de editar o código-fonte e recompilar, é impossível.
A única solução que encontrei pessoalmente foi em vez de usar o plug-in do Expo para usar os plug-ins do Desktop Cube e do Rotate Cube, definindo Multi-Output Mode para Multiple Cubes e desdobrando o cubo em vez de abrir a Expo. Eu também não gosto disso, e ele apenas mostra um ponto preto ou transparente onde a outra tela deveria estar, mas foi o melhor que eu encontrei.