Eu nunca vi isso antes e sou o cara que escreveu o programa. É provavelmente algo estranho acontecendo com qualquer que seja o seu back-end gráfico, já que ambas são áreas que são o GdkPixmap. Fico feliz em saber que não é apenas o gtkwave. Observe que essas áreas ignoram temas, portanto, é provável que não, a menos que o compositor / renderizador tenha algum tipo de efeito nessas áreas, por exemplo, configurando um canal alfa ou algo que não é típico do gtk2.
Essas áreas são copiadas de volta para a área principal automaticamente em eventos de exposição do servidor X. Eu não sei se você está usando Wayland ou algo assim e o que quer que esteja acontecendo no backend de renderização do Gdk para o gtk2 está faltando eventos de exposição que são copiados da loja particular do gtkwave para o que é visível na tela.
Em wavearea_configure_event () de wavewindow.c, você verá um printf de depuração. remova o DEBUG () para expor o printf para ver se há eventos de configuração sendo enviados para o Gdk. Estes devem ocorrer quando uma parte da área ondulada ou sinalizada estiver coberta / descoberta / redimensionada / etc. O redimensionamento parece indicar que os eventos de configuração estão se perdendo.
Tudo soa como um bug interessante no backend Gdk do gtk2 para mim. Se for algo assim, você poderá usar o Xephyr / Xnest / whatever para obter uma representação sã do X11. O mesmo vale para o lançamento do vncserver e do vncviewer na mesma sessão e o direcionamento do gtk para isso.
NOTA: O gtkwave não foi convertido para o gtk3 principalmente porque o gtk3 está faltando muita função que eu preciso e reescrever grandes partes do visualizador não é uma prioridade na minha lista de tarefas.
-Tony