Supondo que não haja bug com o código, isso acontecerá se o aplicativo não conseguir atualizar suas próprias configurações. Isso aconteceria quando o arquivo de configurações do aplicativo não tiver a permissão "gravar" ou o arquivo pertencer ao usuário raiz.
Isso às vezes acontece e o que você precisa fazer é identificar o local onde esse aplicativo está salvando suas configurações e fazer:
sudo chown -R $USER:$USER path_to_name_of_file_or_dir
chmod -R u+w path_to_name_of_file_or_dir
Sem isso, as configurações nunca são gravadas. Alguns aplicativos avisam se eles não podem gravar as configurações, outros não.