Meu desktop foi na semana passada também depois de atualizar vários programas que eu instalei no meu Ubuntu 16.04 com o desktop Gnome3. Mas depois de usar os seguintes comandos, ele foi instalado novamente e foi corrigido.
O comando para reinstalar a área de trabalho do Unity:
sudo apt-get install --reinstall ubuntu-desktop
Os comandos para o Gnome3 que você pode usar como padrão também no topo do seu Unity:
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install ubuntu-gnome-desktop
Você quer dizer que já usou esses comandos? Só para deixar as coisas mais claras sobre a sua pergunta.
Caso contrário, isso provavelmente resolveria (parcialmente) o seu problema. Depois disso, você pode simplesmente executar o seu Ubuntu no modo normal.