Eu fiz como sugerido e reinstalei o Ubuntu Mate 16.04.3, depois de baixá-lo novamente. O manuseio do usuário agora está ok. O problema com os grupos também é simples: o Linux não gosta de letras maiúsculas aqui, algo com expressões regulares, com as quais eu mais me importava, e nem tinha tempo para isso. Eu simplesmente segui essa regra a partir de agora (acho que alguns dirão um argumento ruim. Eu sei, mas se eu tiver que aprender todo o Linux de uma só vez, não posso produzir nada, e sou programador de front-end, não admin, mesmo se eu tiver que).
Obrigado pelos conselhos. Não está claro para mim como isso pode funcionar, manipulando os usuários quando os arquivos são somente leitura. Esse foi o problema no começo. Mas por enquanto eu vejo o caso como resolvido, obrigado novamente.