Se durante a instalação do Ubuntu você escolheu usar o disco inteiro, então sim, você teria perdido sua partição do Windows.
Se você quer fazer uma dupla inicialização do seu sistema com o Windows e o Ubuntu, você precisa primeiro:
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Inicialização ao vivo usando o Ubuntu
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Limpe todo o seu disco rígido usando o Gparted
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Crie duas partições: uma para o Windows e outra para o Ubuntu (Não tipo de sistema de arquivos necessário)
Agora reinicie seu sistema com a mídia de inicialização do Windows e instale-a em uma das partições. Deixe a outra partição como espaço livre.
Quando o Windows terminar de instalar, reinicialize usando o cd do Ubuntu e instale este sistema na partição secundária.
É muito importante que você instale o Windows antes do Linux se quiser usar o Grub como seu seletor de inicialização.