Parece que suas partições não estão alinhadas ao limite do bloco de apagamento no caso do SSD e ao limite do setor no caso do HDD. É por isso que o problema se manifesta ao copiar, o que envolve gravar em uma das unidades, mas não apenas quando você lê a unidade.
Os HDDs WD Caviar têm setores de 4096 bytes, mas expõem setores de 512 bytes ao BIOS para aumentar a "compatibilidade". O particionamento padrão no Ubuntu não irá alinhar as partições para 8 setores, o que fará com que cada escrita seja traduzida pela emulação do setor de 512 bytes da unidade para uma leitura e reescrita. Isso irá matar completamente o desempenho.
Os SSDs geralmente apagam tamanhos de página entre 128kB e 1024kB. É melhor alinhar as partições com um múltiplo de 1024kB.
Normalmente, fdisk usa um tamanho de setor de 512. Isso significa que suas partições de HDD devem iniciar em setores que são múltiplos de 8 e as partições SSD em setores que são um múltiplo de 2048. Observe que em sua unidade de inicialização, o a primeira partição deve ter pelo menos 64kB do início da unidade, para que a imagem de inicialização do GRUB possa caber entre o MBR e a primeira partição.
Para resumir, você precisa reparticionar e reformatar suas unidades. Use fdisk -u /dev/sda de um LiveCD para configurar partições que começam em múltiplos de 2048 setores. Depois de configurar as partições, você pode usar o instalador do Ubuntu para formatá-las.