Eu tive erros semelhantes causados ao tentar copiar manualmente /var/lib/apt/lists/
de uma máquina para outra.
Tente mover todo o conteúdo de /var/lib/apt/lists/
para /tmp/listsbak/
e, em seguida, executar apt-get update
mkdir /tmp/listsbak/ && sudo mv /var/lib/apt/lists/* /tmp/listsbak/ && sudo apt-get update
Se as listas recém-baixadas apresentarem os mesmos erros, talvez inclua em sua pergunta ou um comentário suas máquinas /etc/apt/sources.list
e quaisquer arquivos de lista em /etc/apt/sources.list.d
.