Esta configuração é definida no banco de dados dconf.
dconf dump /org/gnome/nm-applet/eap/70b2f88f-1c43-45e0-acd5-276f66bd0b98/
ignore-phase2-ca-cert=false
ignore-ca-cert=true
Dê uma olhada aqui se você quer definir isso como padrão para todos os usuários