Você executa arquivos de arquivos php chamando o interpretador que é php .
Então, no seu exemplo, seria:
php file.php
Você também pode dar uma olhada no php que você tem disponível:
update-alternatives --list php
Isso também mostra o caminho direto para toda a sua versão do PHP, que você também pode usar para executar seus scripts php.
Verifique também se você tem direitos de leitura no arquivo como o usuário com o qual você executa o php.
chmod a+r file.php
Você também pode alternativamente adicionar um shebang ao arquivo php. Na primeira linha do seu arquivo, adicione isto:
#! /usr/bin/php
Em seguida, torne o arquivo executável e execute-o sem php.
./file.php