Se você não estiver fazendo nada em que precise do código-fonte, não importa se você verifica ou não os repositórios do código-fonte, já que não está fazendo uso deles. Não deveria doer tê-los. Eu não recomendaria desmarcar o repositório de origem, sobre a possibilidade de você estar usando (mesmo sem querer).
O download do servidor principal é bom. Pode ter havido um problema com o seu servidor local (do país), mas esses problemas devem desaparecer rapidamente à medida que o servidor é sincronizado com os servidores principais. Você deve estar bem para voltar, mas deve funcionar bem deixando sua configuração como está.