Eu não penso assim, a única coisa que eu vi foi que você pode começar com ...
redshift
(com algumas opções) e desative-o com ...
pkill -USR1 redshift
Isso parece indicar que não há opções de configuração para ativá-lo / desativá-lo por software iniciado e que o redshift funciona em uma base ampla do sistema. A configuração de amostra também não tem nada nela. Algo com o qual você pode trabalhar: você pode ativar / desativá-lo por viewport. Talvez você deva agrupar o software com o qual não deseja usá-lo e torná-lo aberto na viewport 2, e que o redshift não faça a viewport 2.
Então quando você faz
pkill -USR1 redshift && emacs
O emacs seria iniciado sem ele e você teria que reiniciar manualmente o redshift. Mas colocar isso na frente de qualquer software que você quer começar sem parecer parece um pouco demais.