A menos que você esteja vendo uma mensagem de erro ao tentar excluí-los como root (suponho que você esteja fazendo um sudo rm -f), o problema não parece ser que eles não possam ser excluídos. A questão parece ser que algum processo está recriando-os.
Você pode tentar descer para o modo de usuário único (se disponível) para ver se eles estão sendo recriados.