Esta é provavelmente a funcionalidade de atualização automática do Ubuntu. Tente aguardar alguns minutos após o login e ele deverá ser executado corretamente.
Para evitar que isso aconteça, desinstale o pacote unattended-upgrades
(que está iniciando essas atualizações) com o seguinte comando:
sudo apt purge unattended-upgrades
Após a reinicialização, o problema que você está enfrentando deve desaparecer.