após uma atualização de alguns pacotes, tive os mesmos problemas em vários ambientes Desktop na minha instalação do 16.04 (Gnome, Gnome Classic e Default). Todos os menus foram apagados, sem mais janela de console, etc. Todos os outros programas, como, por exemplo, cromado estava bem. Então, depois de fazer o backup dos dados mais importantes para um disco rígido externo. Eu corro um "apt-get dist-upgrade" como sudo depois que eu tinha mudado para não-GUI via CTRL alt F1. Isso resolveu o problema para mim após o reinício. Agora tudo voltou ao normal.