Eu usaria o Synaptic se você fosse um iniciante (na verdade eu uso o apt-get, mas isso foi abordado acima). Abra o Synaptic e procure o programa do terminal que você deseja atualizar. Marque a caixa ao lado e salve sua configuração. É muito fácil gerenciar pacotes com o Synaptic. Experimente e leia os arquivos de ajuda e você será um especialista em pouco tempo.
Além disso, o Update Manager deve ser executado na inicialização e verificar se há atualizações. Você pode executar o gerenciador de atualização sozinho e ele atualizará todos os pacotes em seu sistema (ou até mesmo atualizará para uma nova distribuição).
O Synaptic e o Update Manager devem fornecer o que você precisa.