Você não deve perder sua área de trabalho removendo o ubuntu-desktop, porque é um meta-pacote que simplesmente permite instalar facilmente todos os pacotes padrão no ambiente do Ubuntu Desktop. No entanto, é recomendável instalá-lo novamente antes de qualquer atualização do sistema.
Você pode remover com segurança o gedit e o ubuntu-desktop, depois instalar o ubuntu-desktop novamente. Ele irá selecionar automaticamente o gedit para instalação, porque o gedit está incluído no meta-pacote.
Embora seja perfeitamente seguro fazer o que você quer, geralmente é desnecessário reinstalar os aplicativos, a menos que eles tenham sido corrompidos por uma queda de energia ou uma atualização interrompida. Como @sagarchalise comentou, excluir os arquivos de configuração do aplicativo geralmente resolve a maioria dos problemas e, se você quiser redefinir suas personalizações, esse é o caminho a seguir. A reinstalação não alterará nenhuma personalização pessoal.
Observação: depois de ler sua mensagem sobre a perda de sua área de trabalho, eu fiz uma teste em uma VM, só para ter certeza nada mudou desde Maverick. Eu não perdeu meu desktop mesmo depois reiniciando e eu consegui instalar os dois pacotes novamente.