As configurações de clamtk podem não estar selecionadas corretamente. Por padrão, algumas configurações podem estar desabilitadas e você pode ter que ativá-las conforme abaixo. Por favor, verifique Configuração - > Settings para os itens abaixo e ativá-los marcando / selecionando;
- assinale - > digitalizar arquivos maiores que 20 MB
- assinale - > digitalizar diretórios recursivamente