Para mim, a melhor maneira é particionar a unidade antes da instalação real. Para isso eu inicio o DVD de instalação no sistema Ubuntu Live. Isto tem a ferramenta de partições gráficas gparted no menu do programa.
Eu uso isso para criar todas as partições que eu preciso, incluindo uma pequena partição swap para o Linux. Quando quero acessar uma partição de dados de outros computadores, geralmente uso o NTFS.
Em seguida, inicio a instalação clicando no ícone de instalação na área de trabalho ao vivo e selecione a partição pretendida para o sistema.