Se você olhar para o conteúdo dos pacotes bluez você notará que bluetoothd e bluetoothctl são programas separados, não devem ser confundidos com a versão do pacote. Não é incomum que uma coleção de programas em um pacote tenha suas próprias versões separadas. A fim de assegurar que você não esteja usando uma versão fora da data de um dos programas mencionados acima, você pode usar which para assegurar que está iniciando aquele que você instalou, verificando a localização na lista de arquivos mostrada no primeiro. link que eu forneci. Você verá que which bluetoothd deve responder com /usr/sbin e which bluetoothctl deve responder com /usr/bin/ se obtiver esses resultados, as chances são boas de que nada esteja errado. A menos que você tenha usado um PPA ou tenha instalado o bluez compilando você mesmo, nesse caso, sua pergunta requer mais detalhes.