Eu percebi que ao copiar todos os arquivos no Nautilus, a biblioteca dinâmica estava sendo copiada como um link flexível e o tamanho do arquivo era muito menor.
Excluir a biblioteca e copiá-la novamente do bash resolveu o problema.
Estou adicionando o Nautilus como uma tag à pergunta. No entanto, não consigo mais reproduzir esse problema, mesmo quando copie e cole novamente do Nautilus.