Você pode tentar usar outra ferramenta no Windows para criar uma unidade de inicialização USB com o Ubuntu.
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Uma ferramenta de clonagem, que clona o arquivo iso em um pendrive USB:
Imager de disco do Win32
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Uma ferramenta de extração, que extrai o conteúdo do arquivo iso e o reorganiza quando gravado em um pendrive USB:
(Unetbootin é uma ferramenta de extração)
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Veja o link a seguir, se você quiser informações mais detalhadas,