Acho que se você inicializar no Windows e, em seguida, realizar um teste completo no disco rígido (Check Disk) e deixe corrigir problemas potenciais. Se você estiver familiarizado com o uso da bios ou com os utilitários, também poderá executar um teste inteligente de HDD.
Se tudo isso passar, o Ubuntu deve ser capaz de montar essas partições por padrão. Se não, certifique-se de ter o ntfs-3g instalado. Leia mais aqui .