Sugiro que você siga melhor o que está dizendo para você.
sudo apt autoremove
Além disso, este diretório:
/etc/mysql/conf.d/
não está presente - você pode criá-lo manualmente, mas eu não recomendo, pois não sei quantos diretórios e subdiretórios você pode acabar criando.
Melhor para reinstalar o LAMP novamente