O que você precisa é o && como George mencionou no comentário já.
& amp; & amp; significa que o próximo comando listado será executado apenas se o comando anterior retornou um valor de saída 0. Você também pode usar || se desejar executar o próximo comando apenas se o primeiro falhar - ou se um valor não for 0.
Então, para o seu caso, seria:
time parallel -j 40 :::: filetoprocess.sh && time parallel -j 40 :::: filetoprocess2.sh
O que significa que ele será executado assim que o primeiro comando for concluído com sucesso e não será executado se o primeiro falhar.
Experimente com
echo test 1 'sleep 2' && echo test 2 'sleep 2' && echo test 3 'sleep 2'