Os arquivos provavelmente podem ser arquivos ocultos, o que significa que o nome do arquivo é precedido por "." Se esse for o caso, você pode exibi-los pressionando ctrl + h
Eu tenho um diretório que, quando navegando no gerenciador de arquivos, mostra apenas cerca de 5 de 15 dos arquivos (documentos de texto que eu criei) que estão lá. Quando eu navego para o diretório usando o Atom, posso ver os arquivos.
Eu posso abrir o diretório no Atom usando o "Show no Gerenciador de Arquivos", mas ele ainda não aparece no Gerenciador de Arquivos (então tenho 100% de certeza de que é o mesmo diretório).
Os arquivos provavelmente podem ser arquivos ocultos, o que significa que o nome do arquivo é precedido por "." Se esse for o caso, você pode exibi-los pressionando ctrl + h