Usando um switch KVM barato (DVI) sozinho, entre o Windows e o Xubuntu 16.04.
Ao mudar para o Xubuntu, não haverá sinal para monitorar.
Outra solução alternativa está mudando para tty1 CTRL + ALT + F1 (ou um dos outros 2-6 com F2-6) antes de sair com o KVM. Depois de voltar com o KVM CTRL + ALT + F7 para voltar ao desktop.
Se esquecido e sinal for perdido
sudo service lightdm restart
irá de um dos tty's resetar de volta para a GUI para mim.
Eu não entendi ou descobri uma solução dos erros mencionados nos comentários.