Para impedir a listagem de diretórios, você deve remover a palavra-chave Índices de sua diretiva Opções ou simplesmente colocar um -
na frente dela como: -Indexes
Além disso, verifique seu DocumentRoot com o seguinte comando, ele deve corresponder à sua pasta Yii2:
grep -i Documentroot /etc/apache2/httpd.conf
Você definiu o parâmetro ServerName
no arquivo /etc/apache2/sites-enabled/000-default.conf
conf? por exemplo:
ServerName IP_ADDRESS
E lembre-se sempre de recarregar a configuração depois de fazer alterações